Лютер был враждебно настроен не только к Аристотелю, но также к томистской мысли и к схоластике вообще. Причина очевидна: ему претила сама мысль о примирении веры и разума, природы и благодати, человеческого и божественного. Но было столь же очевидно, что решения Собора тридцати должны дать новый импульс схоластической мысли, второе дыхание которой пришлось на XV и начало XVI веков (т.е. случилось ранее самого собора), блестящим представителем которой был Томмазо де Вио (1468—1534), более известный под именем кардинала Каэтана.
Каэтано был первым, кто ввел в качестве основного теологического текста не традиционные "Поучения" Петра Ломбардского, а "Сумму Теологии" св.Фомы, которая с успехом служила справочным пособием как для доминиканцев, так и для иезуитов. Напомним также что, в течение XVII века, комментарии к Аристотелю были заменены на Философские курсы, составленные на основе томизма. Они получили широкое распространение и популярность.
Еще более значительного расцвета "вторая схоластика" достигла в Испании, в стране, где даже споры гуманистов были религиозно окрашенными и, потому для нее сложились особенно благоприятные условия. Главным представителем второй схоластики был Франсиско Суарес (1548—1617), прозванный "doctor eximius";, т.е. исключительный доктор. Известны его работы: "Метафизические диспуты" (1597) и "De legibus"; (" О законах ", 1612). Онтология Суареса оказала влияние на современную мысль, в частности, на Вольфа.
Таким образом, более всего на семинарах и теологических факультетах, схоластика удерживалась на флангах новой философии и вступила в пору научной революции на дорогу, как увидим, совершенно иную.
