Поскольку, как правило, для достижения нескольких целей в организации применяется одна система составления смет, всегда имеется опасность, что некоторые из целей могут противоречить друг другу. Например, могут вступать в конфликт между собой функции планирования в мотивации. Требование предоставить сметы, которые невозможно исполнить, может в полной мере соответствовать целям стимулирования, но противоречить целям планирования, так как для целей планирования при составлении сметы необходимо задавать достижение тех целей, на которые организация может реально выйти.
Существует также противоречие между функциями планирования и оценивания работы менеджера. При планировании смету составляют до начала планируемого периода исходя из ожидаемых условий или обстоятельств. Оценивание же работы должно основываться на сравнении фактических результатов с данными скорректированной сметы, отражающей обстоятельства или условия, в которых менеджеры работают фактически. На практике многие компании сравнивают полученные результаты с данными первоначальной сметы. Однако если предполагавшиеся при составлении сметы обстоятельства изменились, то между планированием и оценкой работы возникает противоречие.