1 (13) сентября русская армия расположилась лагерем перед Москвой: правый фланг армии был у деревни Фили, центр между селениями Троицким и Волынским, левый фланг перед селом Воробьёвым. Арьергард армии располагался на реке Сетунь. Протяженность линии фронта составляла около четырёх километров. Сообщение между частями армии сильно затруднялось труднопроходимыми оврагами и речкой Карповкой. Осмотрев эту позицию с Поклонной горы, главнокомандующий и другие военачальники признали её неприемлемой для сражения.
В 5 часов того же дня в доме филёвского крестьянина А. Фролова собрался Военный совет, точное количество участников которого неизвестно. По воспоминаниям участников войны, на совет были приглашены генералы: М. Б. Барклай-де-Толли, Л. Л. Беннигсен, Д. С. Дохтуров, А. П. Ермолов, П. П. Коновницын, А. И. Остерман-Толстой, Н. Н. Раевский, Ф. П. Уваров и полковник К. Ф. Толь. Присутствовал на совете также дежурный генерал П. С. Кайсаров. Обсуждался один вопрос — дать сражение под Москвой, или оставить город без боя.
М. Б. Барклай-де-Толли указывал на вынужденность оставления Москвы для спасения армии: «Сохранив Москву, Россия не сохранится от войны, жестокой, разорительной. Но сберегши армию, ещё не уничтожаются надежды отечества» Л. Л. Беннигсен настаивал на сражении, и большинство участников совещания склонялись на его сторону. Окончательное решение принял М. И. Кутузов: «Доколе будет существовать армия и находиться в состоянии противиться неприятелю, до тех пор сохраним надежду благополучно довершить войну, но когда уничтожится армия, погибнут Москва и Россия. Приказываю отступать». Кутузов прервал заседание и приказал отступать через Москву по Рязанской дороге.
После совета Кутузов, по воспоминаниям приближенных, плохо спал, долго ходил и произнес знаменитое: «Ну, доведу же я проклятых французов… они будут есть лошадиное мясо». Ближе к вечеру 14 сентября в опустевшую Москву вступил Наполеон.