Национальный центр активно участвует в международном и межгосударственном сотрудничестве с различными общественными и международными организациями в области аккредитации на соответствие международными стандартам, стандартизации лекарственных средств, обучению специалистов, гармонизации нормативных документов.
Международное сотрудничество осуществляется в рамках работы Таможенного союза, Евразийского экономического сообщества, Комиссии Европейской фармакопеи, Фармакопейной Конвенцией США, Международной программой ВОЗ по побочным действиям лекарственных средств, Европейского директората по контролю качества лекарств (EMEA), Европейской сети официальных контрольных лабораторий при Европейской фармакопее (OMCL).
- В 2006 году при активном участии Национального центра Республика получила статус страны-наблюдателя в Комиссии Европейской фармакопеи;
- Национальный центр регулярно представляет Республику Казахстан в работе сессий Комиссии Европейской фармакопеи;
- Национальный центр стал инициатором по вступлению Республики Казахстан в Международную программу ВОЗ по мониторингу побочных действий ЛС. Республика получила доступ к базе данных ВОЗ, обмену информацией с другими странами мира по побочным действиям, участие в ежегодной конференции, г. Уппсала, Швеция;
- Национальный центр является членом Межгосударственной комиссии по стандартизации, регистрации и контролю качества ЛС, ИМН и МТ государств-участников СНГ;
- Представители Национального центра являются членами рабочих групп по гармонизации нормативных правовых актов в области здравоохранения Евразийского экономического сообщества (ЕврАзЭС). Активно участвуют в разработке Соглашений ЕврАзЭС в сфере обращения лекарственных средств, изделий медицинского назначения и медицинской техники;
- Республика Казахстан явилась инициатором решения вопроса о взаимном признании регистрационных удостоверений на лекарственные средства производителей государств – членов таможенного союза произведенных в условиях надлежащей производственной практики (GMP) государств-членов Таможенного союза;
- Национальный центр начал работу по вступлению в Единую сеть официальных испытательных лабораторий по контролю качества ЛС при Европейской фармакопеи (OMCL), под эгидой Европейского Директората по контролю качества ЛС и медицинских услуг Совета Европы (EDQM);
- В целях совершенствования стандартизации лекарственных средств с международными требованиями Национальный центр провел ряд переговоров с Фармакопейной Конвенцией США, в результате в 2010 году Республике Казахстан присвоен статус члена Фармакопейной конвенции США с правом решающего голоса;
- В 2010 г. подписан договор о гармонизации с Фармакопейной конвенцией США (октябрь 2010 года).