Благополучное царствование Бориса Годунова продолжалось недолго. В 1601 г. в результате неурожая разразился голод. Он продолжался три года. В стране, разоренной опричниной и войнами, не оказалось ресурсов, которые позволили бы пережить голодное время. Хлеб вздорожал в сто раз. Попытки Бориса ограничить рост цен успеха не имели. Светские землевладельцы и монастыри прятали хлеб и спекулировали им. Годунов приказал открыть для голодных царские амбары, но на всех хлеба не хватило, тем более, что, заслышав об этих раздачах, люди со всех концов страны потянулись в Москву, бросив свои скудные запасы. В Москве голод был особенно страшным. Свыше 120 тыс. человек умерли голодной смертью.
Голод подорвал авторитет Бориса. В массовом сознании человека русского средневековья только "добрый" царь был законным. Поскольку при Годунове начались бедствия, он перестал быть "добрым", а следовательно его власть утратила законный характер. То, что Годунов не являлся прирожденным царем, лишь укрепляло людей в уверенности, что происходящее - Божья кара за неправедное овладение престолом.
В 1601 - 1602 гг. Борис временно частично восстановил Юрьев день. Он разрешил мелким служилым людям вывозить крестьян, спасая свои поместья от окончательного разорения. Получили свободу холопы, хозяева которых не кормили их в голодное время. Но эти меры уже не могли успокоить страну.