В июне 1848 года Бакунин принял активное участие в Пражском народном восстании («Святодуховское» восстание, усмиренное войсками), на которое он попал, прибыв первоначально в Прагу на Пражский славянский съезд[4].
После подавления восстания в Праге Бакунин бежал в Германию, где продолжал поддерживать свои славянские связи и издал по-немецки «Воззвание к славянам»(«Aufruf an die Slaven»), направленное против германизаторских стремлений франкфуртского парламента. В этом воззвании он ставит целью европейского революционного движения «учреждение всеобщей федерации европейских республик»
В мае 1849 года он стал одним из руководителей восстания в Дрездене. После подавления восстания Бакунин, бежал в Хемниц, где был арестован. Был приговорён Саксонским судом к смертной казни. Он отказался подписать просьбу королю о помиловании, но смертная казнь все же была заменена ему пожизненным заключением. Вскоре, однако, саксонское правительство выдало его Австрии, где он был в 1851 году вторично судим Австрийским судом и осуждён на смертную казнь за участие в Пражском восстании, но и на этот раз замененной пожизненным заключением. В этом же 1851 году он был выдан австрийским правительством царскому правительству России. Отбывал заключение в Алексеевском равелине Петропавловской крепости (с 1851 по 1854 год) и Шлиссельбургской крепости (с 1854 по 1857 год).
Находясь в заключении в Петропавловской крепости, Бакунин написал по требованию российского императора Николая I своё известное произведение «Исповедь», в котором изложил свой взгляд на революционное движение и славянский вопрос.