В Российской империи организация с похожим названием, «Приказ протоинквизиторских дел», была создана в 1711 году указом Петра I для надзора за епископами в их церковной хозяйственной и судебной деятельности в делах небольшой важности. В состав духовных инквизиторов входили представители чёрного и белого духовенства. Все они подчинялись провинциал-инквизиторам городов, где располагались архиерейские дома. Провинциал-инквизиторы подчинялись московскому протоинквизитору. Первым московским протоинквизитором был назначен Пафнутий, архимандрит Данилова монастыря в Москве. В свою очередь, он подчинялся Синоду. Прежде чем отправить свой донос, духовный инквизитор должен был известить вышестоящее начальство обвиняемого им или местного архиерея. Если дело кончалось штрафом, после его назначения и выплаты половина денег полагалась доносителю. В 1724 году Приказ протоинквизиторских дел прекратил свое существование, однако должности инквизиторов были упразднены лишь 25 января 1727 года.
По словам П. И. Мельникова (принимавшего в качестве чиновника министерства внутренних дел участие в преследованиях старообрядцев), «действия московской инквизиции далеко не то, что действия инквизиции римско-католической; она просуществовала не более пяти лет и не успела развить свои действия, как хотелось инквизиторам … Главное же потому инквизиция не имела у нас значительного развития, что будучи противна духу православия она в самом духовенстве не встретила сочувствия»[5].
