Для окраски шерсть помещают вместе с красителем в область для крафта (можно на верстаке, можно в инвентаре). Порядок расположения предметов не важен, но из-за бага (или недоработки) можно окрасить только белую шерсть (причём даже в белый цвет). Таким образом окрашивается один блок.
Также можно с помощью красителя покрасить овцу, для этого нужно взять краситель в руку и нажать ПКМ на овце (нужно быть достаточно близко; краситель тратится). Шерсть с такой овцы будет падать крашеная, что делает добычу крашеной шерсти выгоднее путем стрижки овец, так как при добыче шерсти ножницами Вы можете собрать с неё 1-3 блока крашеной шерсти, а при крафте получится только 1 блок. А поскольку шерсть на овцах c версии 11w49a (1.1) отрастает заново, можно получить бесконечное количество шерсти с помощью всего одного красителя. Кроме того, поскольку при разведении овец ягнёнок наследует цвет одного из родителей, можно ускорить процесс производства шерсти, получив разведением несколько цветных овец. Стоит отметить, что в природе попадаются серые, светло-серые, черные, коричневые (реже) и розовые (очень редко) овцы с естественной окраской.
С версии 12w34a (1.4) стало возможным окрашивать кожаную броню. Для покраски нужно разместить в сетке крафта один элемент брони вместе с произвольным образом расположенными красителями, которые вы хотите к нему применить. Количество доступных цветов для брони намного превосходит базовые 16 вариантов цветов красителей, и применение красителя к уже покрашенной броне не перекрашивает ее сразу же, а изменяет цвет на нечто среднее. Кроме того, в крафте можно использовать сразу много красителей, чтобы быстрее получить желаемый цвет. Покрашенную броню можно отмыть, использовав её на котле (вода тратится).