Нервова тканина відносно бідна на антигенпрезентуючі клітини (АПК), однак дендритні клітини, макрофагоподібні астроцити і мікрогліальні клітини, олігодендроцити і ендотеліоцити капілярів головного мозку, які експресують молекули HLA системи, здатні попадати в нервову тканину в великій кількості. При порушенні гематоенцефалітичного бар’єру мієлоїдні дендритні клітини (CD4, CD11c, CD123) з’являються в мозку і спинномозковій рідині, мігруючи з периферичної крові. У нервовій тканині вони локалізуються в периваскулярних просторах і, ймовірно, відіграють центральну роль в індукції Т-хелперів 1 типу (Тh1) завдяки продукції IL-12. На думку дослідників, ці клітини підтримують у нервовій тканині хронічне запалення за типом сповільненої гіперчутливості.
Доведено, що астроцити та ендотеліоцити капілярів головного мозку, окрім антигенпрезентуючої функції формують гематоенцефалітичний бар’єр. Астроцити знижують цитотоксичні ефекти Т-лімфоцитів, секретують цитокіни, нейроспецифічні та нейротропні біологічно активні речовини, серед яких фактор росту глії (GDGF), фактор росту нервів (NGF), гліальний і мозковий нейротрофічний фактори (GDNF і BDNF), фактор росту фібробластів (FGF), інсуліноподібний фактор росту-1 (IGF-1), циліарний нейротропний фактор (CNTF). Всі ці речовини скеровані на стабілізацію основних параметрів гомеостазу нервової тканини, приймають участь у процесах її регенерації, демаркації, локалізації патологічного процесу; контролюють утворення нейротоксинів та специфічних речовин, які приймають участь у передачі клітинних сигналів. Незважаючи на те, що астроцити експресують молекули HLA системи, вони нездатні експресувати ко-стимулюючі білки CD80 і CD86. Цей факт вказує на те, що астроцити не можна вважати повноцінними антигенпрезентуючими клітини. Окрім цього, активовані астроцити здатні пригнічувати імунну відповідь через їхній вплив на CD4+-лімфоцити, які після взаємодії з астроцитами переходять у стан анергії або апоптозу.
До справжніх макрофагоподібних клітин нервової системи відносяться клітини мікроглії - мононуклеарні фагоцити кістково-мозкового походження, які відповідно до локалізації поділяють на периваскулярні та паренхіматозні. Ці клітини здатні експресувати на своїй поверхні майже всі антигени, які специфічні для периферичних АПК, в т.ч. антигени HLA І і ІІ класів, рецептори для комплементу; антигени Т- і В-лімфоцитів; синтезують широкий спектр цитокінів. Для стимуляції проліферації Т-лімфоцитів у нервововій тканині необхідна взаємодія ко-стимулюючих антигенів АПК CD80 (B7-1), CD86 (B7-2), CD40 з відповідними молекулами CD28, CD152, CD154.