Згідно із сучасними уявленнями, імунна відповідь розпочинається з контакту моноцитів/макрофагів з патогеном.
Процесінг - сукупність складних внутрішньоклітинних реакцій, які відбуваються від моменту захоплення патогену до того часу, коли антигенпрезентуюча клітина презентує патоген Т-лімфоцитам для його розпізнавання Т-клітинним рецептором. Протеолітична деградація антигену в результаті дії лізосомальних ферментів, утворення мікропептидів та їх розміщення на поверхні цитоплазматичної мембрани здійснюється досить швидко (до 30 хв. - для простих антигенів і до 60 хв. - для великих корпускулярних антигенів). Однак, деякі антигени, наприклад, синтетичні поліпептиди проходять процес трансформації на поверхні мембрани макрофага, а окремі низькомолекулярні антигени (гаптени) не піддаються ні внутрішньоклітинній, ні мембранній переробці. Вважається, що такі антигени не фрагментуються на мікропептиди, а змінюють свою третинну структуру.
Чужорідні пептиди транспортуються в спеціальних жолобках (зв’язуючій складці молекул HLA) на поверхню антигенпрезентуючих клітин. Пептиди утримуються в зв’язуючій складці молекул HLA І класу за рахунок їх зв’язку з N- і С-кінцями алель-специфічної ділянки HLA і за рахунок зв’язку бокових ланцюгів пептида з боковими кишенями молекули HLA. Довжина пептидів, з якими зв’язується молекула HLA І класу, становить 8-10 амінокислот. Пептиди, які зв’язуються з молекулами HLA ІІ класу, доступні з двох сторін, що створює умови для більшого поліморфізму зв’язків HLA+пептид. Більше того, в молекулі HLA ІІ класу зони зв‘язування виходять за межі зв’язуючої складки молекули HLA, що дає можливість «акомодації» більш широкого спектру пептидів до молекул HLA ІІ класу в порівнянні з молекулами HLA І класу. Цей комплекс, який трансмембранно виступає з клітини в екстрацелулярний простір, розпізнається Т-лімфоцита-ми-хелперами, на поверхні яких розміщений рецептор, здатний нековалентно зв΄ язувати комплекс HLA-пептид. На клітинній поверхні існують інші протеїни, такі як адгезивні молекули та костимулюючі молекули, які також приймають участь у зв΄ язуванні вище вказаного комплексу. Фіксація комплексу HLA-пептид до лімфоцитів стимулює Т-хелпери через секрецію цитокінів, завдяки яким здійснюється взаємодія між клітинами. Зокрема, цитокіни стимулюють відповідні імуноглобулінові рецептори на В-лімфоцитах, які можуть зв΄ язувати антигенні пептиди мікроорганізмів.
