При характеристиці системи органів виконавчої влади певні труднощі виникають у зв'язку з тим, що встановлена Конституцією України республіканська форма державного правління змішаного, президентсько-парламентського типу закономірно пов'язана з так званим дуалізмом виконавчої влади. Він означає, що повноваження вищого суб'єкта виконавчої влади певним чином поділені між Президентом України і Кабінетом Міністрів України. Це вимагає з'ясування питання щодо співвідношення інституту президента із системою органів виконавчої влади. Специфіка зазначеного співвідношення полягає в тому, що Президент України, обіймаючи пост глави держави, Конституцією не наділений ознаками органу виконавчої влади і тим більше глави виконавчої влади (хоча, як відомо, до прийняття Конституції України 1996 р. Президент України певний час поєднував повноваження глави держави і глави виконавчої влади).
Водночас Президент України виконує вагому роль у формуванні й функціонуванні системи органів виконавчої влади, оскільки Конституція надає йому значні установчі, кадрові (номінаційні) та деякі інші важливі повноваження у сфері виконавчої влади. Зокрема, Президент України:
- утворює, реорганізовує та ліквідовує за поданням Прем'єр-міністра України міністерства та інші центральні органи виконавчої влади, діючи в межах коштів, передбачених на утримання органів виконавчої влади (п. 15 частини першої ст. 106 — тут і далі посилання на статті Конституції України);
- призначає за згодою Верховної Ради України Прем'єр-міністра України, припиняє його повноваження та приймає рішення про його відставку (п. 9 частини першої ст. 106);
- призначає за поданням Прем'єр-міністра членів Кабінету Міністрів України, керівників інших центральних органів виконавчої влади, а також голів місцевих державних адміністрацій та припиняє їхні (в тому числі голів місцевих державних адміністрацій — за поданням Кабінету Міністрів) повноваження на цих посадах (п. 10 частини першої ст. 106; частина четверта ст. 118);
- видає акти — укази і розпорядження, якими має керуватися у своїй діяльності Кабінет Міністрів (частина третя ст. 113; п. 1 частини першої ст. 116) і які обов'якові для усіх органів виконавчої влади (частина третя ст. 106);
- визначає функції Кабінету Міністрів України (п. 10 частини першої ст. 116);
- здійснює керівництво зовнішньополітичною діяльністю держави, а також у сферах національної безпеки і оборони держави (п. З, 17 частини першої ст. 106);
- через очолювання Ради національної безпеки і оборони України (п. 18 частини першої ст. 106) координує і контролює діяльність органів виконавчої влади у зазначених сферах (частина друга ст. 107);
- скасовує акти Кабінету Міністрів України та акти Ради міністрів Автономної Республіки Крим (п. 16 частини першої ст. 106), а також рішення голів місцевих державних адміністрацій (частина восьма ст. 118).
Наведений перелік повноважень Президента України дає підстави погодитися з пропонованим в юридичній літературі визначенням ролі Президента як носія виконавчої влади (щоправда, з єдиним уточненням: йдеться про носія не взагалі влади, а повноважень відповідної гілки влади) на противагу безпідставному визначенню його деякими фахівцями як власне органу виконавчої влади.
Важливо наголосити, що йшлося про повноваження саме Президента України як глави держави, а не про повноваження апарату, що забезпечує діяльність Президента, тобто його Адміністрації. Це потребує спеціального наголосу, оскільки деякі правознавці вважають, що Кабінет Міністрів нібито підпорядковується Президенту та його Адміністрації. Помилковість подібного погляду очевидна, адже жодних легальних підстав якогось керування з боку Адміністрації Президента власне урядом як вищим колегіальним органом виконавчої влади немає.
Отже, співвідношення інституту президента і системи органів виконавчої влади досить специфічне: Президент України має досить великий вплив на цю систему, однак, з наукової точки зору, немає жодних легітимних підстав включати інститут президента до складу цієї системи.
Інакше кажучи, пост (посада) Президента України належить до системи органів виконавчої влади суто функціонально, а точніше — компетенційно, тобто через певний обсяг своїх повноважень (компетенції). Але він не віднесений до неї структурно, тобто як самостійний складовий елемент системи органів виконавчої влади. Саме тому в Конституції України відсутнє визначення Президента як глави виконавчої влади. І це цілком зрозуміле і правильне рішення. Адже глава гілки влади — це такий суб'єкт влади, який є найвищою структурною ланкою відповідної системи органів, що, як показано вище, не відповідає фактичному стану речей.
