Дунc Скот не разделяет томистскую установку на примирение философии с теологией, он за размежевание. Философия имеет свой объект и свою методологию, не ассимилируемые теологией. Споры и нескончаемые взаимные обвинения, а зачастую и карательные санкции, имеют почти всегда одну причину — размытость границ. Отсюда основной своей задачей Дунc Скот видит уточнение их сфер влияния и исследования.
Философия занята бытием (ens) как сущим и всем, что к нему сводится и из него выводится. Теология занята "articula fidei";, предметами веры. Философия — доказательно-демонстративный процесс, теология — путь убеждения. Логика естественного и логика сверхъестественного, абстракция и откровение. Философия существенным образом спекулятивна, она ищет знание ради знания, теология тенденциозна и практична, оставляя в стороне некоторые истины, она занята поведением. Под опекой теологии философия не улучшается, а теология, использующая инструменты философии, не становится от этого более убедительной. Претензии последователей Авиценны и Аверроэса ведут к подмене теологии философией, попытка августинианцев заканчивается суррогатом наоборот. Также неудовлетворительны, по мнению Скота, томистские поиски согласия любой ценой.
