С другой стороны, в последнее время исламский мир отличается от других регионов планеты наличием значительных радикальных движений, которые отвергают не только западные ценности и модернизацию, но и принцип религиозной терпимости. Западу следует понять, что война идет не с несколькими террористами. Базовый конфликт затрагивает всю общность исламистов, для которых религиозная идентичность стоит гораздо выше политического самоопределения.
Форму исламского фундаментализма, явившуюся реакцией фанатично верующих мусульман на процесс модернизации, затронувший и исламские общества, Фукуяма назвал исламо-фашизмом. Его привлекательность заключается в необходимости культурной идентификации мусульман в условиях ускоряющихся во всем мире перемен и вызванной ими культурной дезориентации, а питательной средой является бедность, экономическая стагнация, политический и социальный авторитаризм. Особым радикализмом отличается секта ваххабитов, к которой принадлежат правители Саудовской Аравии, распространяющие влияние благодаря потоку нефтедолларов далеко за пределы своей территории.
«Исламо-фашистское море, внутри которого плавают террористы» (как выразился Фукуяма), представляет собой не менее, а, может быть, более опасный вызов для Запада, чем вызов коммунизма. Война с Ираком, если она быстро не завершится, может спровоцировать новый всплеск исламского радикализма. Но, вместе с тем утверждает Фукуяма, фундаменталистские организации не исчезнут, как и германский фашизм, под грузом собственных противоречий. Выход он видит только в изменении исламского общества, перестройке его на принципах модернизации, секуляризации (отделения церкви от государства), религиозной терпимости, либерализации мусульманской религии. Таким образом, Фукуяма провозгласил (правда, со знаком вопроса) начало новой эры истории — эры борьбы западной и исламской цивилизаций. Все преимущества в этой борьбе, экономические, финансовые, технико-технологические, научные, военные, — на стороне Запада. Но для победы необходимы еще смелость, решимость сражаться за свои ценности, наличие умелого руководства.