Безпосереднє здійснення митної справи покладається на митні органи України. Система митних органів України складається з Державної митної служби України, регіональних митниць, митниць, спеціалізованих митних управлінь та організацій, установ і навчальних закладів. Митні органи України у своїй діяльності взаємодіють з іншими державними органами, підприємствами та громадянами.
На службу до митних органів України приймаються на добровільній договірній основі громадяни, які здатні за своїми діловими і моральними якостями, освітнім рівнем і станом здоров'я виконувати покладені на митні органи України завдання. При прийнятті на службу може бути встановлено іспитовий строк до шести місяців. Положення про порядок і умови проходження служби в митних органах України затверджується Кабінетом Міністрів України. Не можуть бути прийняті на службу в митні органи особи, які були засуджені за вчинення злочину. Суміщення служби в митних органах з роботою на підприємствах, а також з будь-яким підприємництвом не допускається, за винятком наукової або педагогічної діяльності.
Службовими особами митних органів України можуть бути лише громадяни України. Службові особи митних органів підлягають атестації один раз у п'ять років. Порядок атестації визначається Головою Державної митної служби України. Службовим особам митних органів України присвоюються персональні звання відповідно до займаних посад і стажу роботи. Порядок присвоєння і позбавлення персональних звань визначається Положенням про персональні звання працівників митних органів України, що затверджується Верховною Радою України.
З метою встановлення законності переміщення через митний кордон України транспортних засобів, товарів та інших предметів (за винятком речей), обліку, обкладення їх митом і митними зборами митниця має право провести огляд транспортних засобів, товарів та інших предметів. Огляд та переогляд речей громадянина здійснюється в присутності цього громадянина чи його уповноваженого представника, який діє на підставі належним чином оформленого доручення.