По возвращении сёгуном Токугава Ёсинобу государственной власти Императору, в Японии было сформировано новое правительство. 3 января 1868 он провозгласил указ о реставрации прямого Императорского правления. Согласно этому документу, сёгунат Токугава ликвидировался, а управление государством переходило в руки Императора и его правительства. На совещаниях этого правительства было принято решение лишить сёгуна всех рангов, титулов и большей части землевладений. Против этого решения выступили сторонники ликвидированного сегуната. Япония оказалась расколотой на два лагеря и вступила в гражданскую войну.
В конце января сторонники бывшего сёгуната попытались захватить Киото и восстановить свою власть в стране. 27- 30 января 1868 года в битве при Тоба-Фусими их разбило немногочисленное, но модернизированное войско Императорского правительства. Сайго Такамори повёл победоносную императорскую армию на северо-восток Японии, что привело к капитуляции Эдо в мае 1868 года.
В течение лета-осени они воевали в Северной Японии против Северного союза, выступавшего на стороне сёгуната. Он был окончательно разгромлен в ноябре того же года с падением замка Айдзу-Вакамацу. После того, как Ёсинобу капитулировал, большая часть Японии признала императорское правление, но ядро сторонников сёгуната, возглавляемых кланом Айдзу, продолжало сопротивление. После затяжного сражения, продолжавшегося месяц, клан Айдзу наконец признал своё поражение 23 сентября 1868 года, после чего масса юных самураев из отряда Белого Тигра (Бяккотай) совершила самоубийство. Через месяц Эдо был переименован в Токио и началась эпоха Мэйдзи.
27 июня 1869 года перед правительственными войсками капитулировали отряды самопровозглашенной республики Эдзо во главе с Эномото, которые оборонялись в пятибастионной крепости города Хакодатэ на острове Хоккайдо. Поражение армий бывшего сёгуна, возглавляемых Хидзикатой Тосидзо, положило конец периоду реставрации Мэйдзи — со всеми вызовами власти и правлению императора было покончено. Таким образом, за полтора года Императорское правительство смогло подавить оппозицию вооруженным путем и вернуть Японию под власть Императора.
