В ходе гражданской войны Императорское правительство установило новые политические стандарты. В феврале 1868 года оно заявило представителям иностранных государств в Японии, что является новым легитимным правительством страны. Император провозглашался главой государства, который имел право осуществлять дипломатические отношения. 6 апреля 1868 года он издал Пятистатейную присягу, в которой изложил основные принципы реставрационного курса. Они предусматривали коллегиальность управления, участие всех сословий в выработке решений, отказ от ксенофобии и соблюдение международного права, открытость Японии миру ради получения новых знаний, необходимых для укрепления страны. Присяга была составлена перед японскими божествами всеми членами правительства в присутствии Императора.
11 июня 1868 года была утверждена структура правительства, которая стала называться Великим государственным советом. Из Конституции США японцы позаимствовали формальное разделение власти на законодательную, исполнительную и судебную, и обязали чиновников переизбираться на должности каждые 4 года. В центральном правительстве были установлены старшие службы, которые выполняли роль министерств, а в регионах — младшие, которые представляли центральную власть на местах.
3 сентября 1869 года Император перенес свою резиденцию из традиционного Киото в Токио, ставшем новой японской столицей.
Несмотря на обновление системы управления, Императорское правительство не спешило реформировать японское общество. 7 апреля 1868 года оно опубликовало пять публичных объявлений для народа, в которых изложило традиционные для предыдущей эпохи положения, которые базировались на конфуцианской морали. Правительство призвало граждан Японии слушаться начальников, уважать родителей и старших, быть верными в браке, запрещало общественные организации, митинги и протесты, а также исповедание христианства.
