Розробка і впровад ження в економічну практику СНР України здійснюється в умовах перехідного періоду від адміністративно-командної до ринкової економіки, а це зумовлює своєрідність підходу до проблеми. Ця своєрідність випливає із потреби збереження на перехідний період звичних інформаційних характеристик розвитку економіки і відсутності адекватної СНР інформаційної бази. З урахуванням реальних обставин на початку 90-х років обрано шлях інтеграції СНР і БНГ, що передбачав формування СНР паралельно з використанням БНГ. Це передбачало також визначення схожості та відмінності між СНР і БНГ, уточнення та виміру розбіжностей між потоками та їх елементами, які враховуються по-різному в обох системах макроекономічного рахівництва, усунення або скорочення різних випадкових розбіжностей між ними.Практичне застосування інтегрованої системи означало систематичне виявлення розбіжностей та їх подолання при обчисленні мак-роекономічних показників, при складанні рахунків і таблиць, між потоками матеріальних продуктів та послуг і нематеріальних послуг, між доходом, створеним у сфері матеріального виробництва і в невиробничій сфері та ін.
Основні труднощі, пов'язані з впровадженням СНР України, полягають у формуванні інформаційної бази. Деякі проблеми інформаційного забезпечення пов'язані з загальними проблемами перебудови бухгалтерського обліку, фінансової та статистичної звітності, отримання інформації про економічну діяльність всіх підприємств і фірм незалежно від форм власності, а також про діяльність бірж, банківської системи, інвестиційного ринку та ін. Інші проблеми є специфічними для СНР і стосуються насамперед відображення нетоварних зовнішньоекономічних операцій. Річ у тім, що нині ми маємо загалом лише інформацію про експорт та імпорт продуктів і послуг, а треба мати також дані про передачу іншим країнам і надходження від них доходів у формі оплати праці, доходів від власності і підприємницьких доходів, поточних і капітальних трансфертів. Окремі елементи цих показників можна знайти у звітах про виконання держбюджету. Проте для отримання більш повної інформації про них необхідно розробляти за повною схемою і змістом платіжний баланс. Національні рахунки України складено за вимогами методології і принципів СНР 1993 р. Проте вони поки що не повністю представлені такими рахунками, як рахунок капітальних витрат (він розроблений частково); відсутня методологія розробки фінансового рахунку, що не дозволяє повністю дати характеристику руху фінансових активів, передусім капітальних трансфертів; не всі операції зовнішньоекономічної діяльності враховуються українською статистикою, а це не дозволяє розробляти З рахунки зовнішньоекономічної діяльності, об'єктивно оцінювати показники експорту й імпорту та платіжного балансу України.
Залишаються невирішеними питання визначення обсягів і структури ВВП методом кінцевого використання (за витратами), який має надзвичайне'значення для аналізу пропорцій відтворення продукту. Фактично органи державного управління користуються показниками ВВП, обчисленими виробничим та розподільчим методами. Кілька причин систематичних помилок. Насамперед не враховується тіньовий економічний оборот. Є лише окремі його оцінки, що різняться у досить великих межах. Зберігаються також значні труднощі в розрахунках індексів споживчих цін внаслідок постійних змін у структурі споживчого попиту.
