Класифікація взаємодій у біополімерах

Взаємодії у біополімерах умовно поділяють на сильні та слабкі. До перших слід віднести ковалентні (хімічні або обмінні), кулонівські (іонні) зв’язки, тоді як до других – диполь-дипольні, водневі та гідрофобні зв’язки. У таблиці 6.1 наведені основні типи зв’яків і величини енергії взаємодій у біополімерах.

Мал. 6.1. ілюструє характер міжмолекулярних взаємо­дій для трьох різних областей відстаней між атомами (молекулами). Для відносно малих відстаней (область І) найсуттєвішими виявляються сильні сили відштовхування, зумовлені ковалентною (обмінною) та кулонівською вза­ємо­­ді­ями. Для проміжних відстаней, де досягається мінімум потенціальної енергії (область ІІ), сили відштов­хування та сили притягання, зумовлені ковалентними, електро­статичними та іншими силами, виявляються одного поряд­ку. Нарешті, в області ІІІ, на відносно великих відстанях починають переважати сили притягання, зумов­лені, в основному, електростатичними мультипольни­ми та диполь-дипольними (індукційними та дисперсійни­ми) силами.

Таблиця 6.1

	Типи зв’язків (взаємодій)	Енергія, кДж / моль
	Ковалентна (С-С, С-N)	102–103
	Кулонівська (іонна)	» 102
	Диполь-дипольна	10
	Воднева іонна Воднева нейтральна	10–102 » 10
	Гідрофобна	10
Мал. 6.1.Характер міжмолеку­ляр­них взаємодій U в залежності від відстані r між атомами (молекулами).	Мал. 6.2.Залежність енергії ко­ва­лентного зв’язку від відстані між ядрами атомів.

Сильні ковалентні взаємодії – це взаємодії, обумовлені зовнішними електронами атомів. Поняття ковалентного зв’яз­­ку було запропоновано Л’юїсом у 1916 році, який пов’язав його з утворенням електронної пари, що належить одночасно двом атомам. Квантовомеханічний розрахунок ковалентного зв’язку у молекулі водню на основі рівняння Шредінгера (див. розділ 9) був проведений Гайтлером та Лондоном у 1927 році.

Результати розрахунку ковалентного зв’язку у системі, що складається з двох атомів водню, в залежності від відстані r між ядрами цих атомів наведені на мал. 6.2.

Видно, що в залежності від орієнтації спінів може мати місце як відштовхування – спіни паралельні (крива 1), так і притягання – спіни антипаралельні (крива 2). В останньому випадку рівноважне положення двох атомів досягається тоді, коли відстань між ними дорівнює . Ковалентний зв’язок у двох однакових атомах характеризується симет­рич­ною відносно обох ядер хвильовою функцією електронів та антисиметрич­ною спіновою хвильовою функцією. Це є неполярний (гомеополярний) зв’язок. Таким чином, можна сказати, що ковалентна (або, як ще кажуть, хімічна чи обмінна) взаємодія зумовлена зв’язком, що створюється між двома однаковими атомами за рахунок спарених електронів з протилежно напрямленими спінами. Коли ж атоми різні, то електронна хмара зміщена у бік більш електровід’ємного атому – такий зв’язок називається полярним (гетерополяр­ним).

Цікаво відзначити, що сильна ковалентна (хімічна, обмінна) взаємодія стає зрозу­мілою лише з позицій кван­то­вої механіки. Дійсно, два електрони не можуть одночасно знаходитися, згід­но з уявленнями класичної електродинамік­ки, що спи­рається на закон Кулона, в малій області між двома ядрами, скажімо в молекулі Н₂ або Не₂. Але це стає повністю зрозумілим з точки зору квантової механіки, зокрема принципу Паулі, оскільки ці електрони мають антипаралельні спіни (див. розділ 9).

Наступні приклади дають уяву про величину сильних взаємодій: 1) енергія, що необхідна для розриву С-С зв’язку дорівнює 349 кДж/моль, а для С-N зв’язку відповідно – 336 кДж / моль; 2) основний елемент зв’язку амінокислотних залишків у білках – це пептидний зв’язок – СО-NН-. Він має плоску будову, як показав Л. Полінг (мал. 6.3). Усі зв’язки між атомами у пептидному зв’язку – ковалентні. Сильні взаємодії визначають ланцюгову будову біопо­лімерів, поєднання між собою монополімерів – аміно­кислот­них залишків, нуклеотидів тощо.

Іонні взаємодії. Сили взаємодії між іонами обумовлені законом Кулона. Енергія іон-іонної взаємодії дорівнює:

, (6.1)

де q ₁, q ₂ – заряди іонів, = 8.85^.10^–12 Ф/м – електрична стала, e – діелектрична про­ник­ність середовища, r – відстань між іонами. Іонні зв’язки утворюються між іоногенними групами у білках, між фосфатними групами в нуклеїнових кислотах і катіонами. Так, аніонами є кислотні залишки – глутамін Глу, тирозин Тир тощо, тоді як в ролі катіонів виступають основні залишки – лізин Ліз, аргінін Арг, гістидин Гіс тощо. Величина іон-іонної взаємодії має той самий порядок, як і ковалентна взаємодія, тобто сотні кДж/моль.

Електростатичні (іон-дипольні та інші мульти­польні) взаємодії. Біомолекули не могли б функціонувати, якби, окрім сильних зв’язків усередині біомолекул, не існували б невалентні зв’язки, більш слабкі сили. Слабкі взаємодії – це взаємодії всередині клітин і їх органоїдів, це взаємодія між білками та ліпідами, вуглеводами, нуклеїновими кислотами. Слабкі взаємодії призводять до рухомих, нежорстких конфор­­ма­цій, що необхідні для функціювання біоорганізмів. Розглянемо основні види відносно слабких взаємодій у біологічних системах.

Іон-дипольні взаємодії – це є взаємодії між іонами та полярними групами молекул. Як відомо, полярними молекулами (групами) називаються молекули, що воло­діють дипольним моментом, котрий у відсутності зовнішнього електричного поля не дорівнює нулю. Потенціал іон-дипольної взаємодії залежить від заряду іона q ₀ і дипольного моменту p = ql полярної групи у відповід­ності до формули

. (6.2)

Пояснимо, звідки виникає подібна залежність U_{іон-диполь} від відстані. В загальному випадку потенціал поля, який утворює система зарядів на відстанях, більших порівняно з розмірами системи, може бути поданий у вигляді ряду по потенціалах мультиполів (зарядів-монополів, диполів, квад­ру­полів тощо). За принципом суперпозиції для загального потенціалу такої системи зарядів маємо

де – повний заряд систем,

– вектор дипольного моменту,

– тензор квадрупольного моменту, в якому використане позначення для символу Кронекера d_ab = 1, якщо a = b, і d_ab = 0, якщо a ¹ b.

Виявляється, що потенціальна енергія взаємодії заряда q ₀ в точці R з системою зарядів, що утворюють в точці R потенціал j (R), дорівнює (див. мал. 6.4):

.

Другий доданок в цій формулі саме й відповідає потен­ціалу іон-дипольної взаємодії, що визначається формулою (6.2). Якщо у точці R знаходиться не один заряд q ₀, а система зарядів, то для них можна записати також формулу для потенціалу у вигляді ряду по мультиполях. Отже, має місце мультиполь-мультипольна взаємодія двох систем заря­дів, що входять до складу, наприклад, двох біомакро­молекул або двох груп однієї і тієї ж біомакромолекули.

Мал. 6.4. Взаємодія заряду q ₀ з системою зарядів.

Залежність потенціалів взаємодії між мультиполями від відстані наведена у таблиці 6.2. У принципі існують більш високі мультипольні взаємодії, а саме: між октуполями (груп з 8 зарядів), гексадекуполями (груп з 16 зарядів) тощо.

Таблиця 6.2. Потенціали взаємодії мультиполів

Типи мультиполів	Монополь	Диполь	Квадруполь
Монополь	1/ r	1/ r 2	1/ r 3
Диполь	1/ r 2	1/ r 3	1/ r 4
Квадруполь	1/ r 3	1/ r 4	1/ r 5

 

Диполь-дипольна взаємодія – взаємодія між диполями молекул або полярними групами молекул. Існує 3 типи диполь-дипольних взаємодій:

1. Орієнтаційні взаємодії.

2. Індукційні взаємодії.

3. Дисперсійні (Ван-дер-Ваальсівські) взаємодії.

Орієнтаційна диполь-дипольна взаємодія. Формула для потенціалу цієї взаємодії має вигляд

. (6.3)

Якщо два диполі зорієнтовані паралельно один одному (це, зокрема, має місце при низьких температурах чи в сильному електричному полі), то

.

Якщо ж теплова енергія kТ більша за U_ор, то тепловий рух руйнує переважну орієнтацію і тоді усереднення за орієнтацією, як показали Рейнганум та Кеєзом, дає результат, відмінний від нуля, тільки для величини усередненої диполь-дипольної взаємодії

. (6.4)

Видно, що ця взаємодія оберненопропорційна темпера­турі T і шостому степеню відстані між диполями.

Індукційна диполь-дипольна взаємодія. Ця взаємодія викликана тим, що сталий диполь однієї молекули індукує в іншій молекулі чи групі молекул дипольний момент. Індукований електричним полем Е дипольний момент дорівнює р = aЕ, де a – поляризовність молекули. Напруже­ність Е електричного поля, що створюється сталим диполем р ₀ на відстані r від нього, де знаходиться молекула (група молекул) з індукованим диполем р, дорівнює . Відповідно енергія індукційної взаємодії дорівнює

. (6.5)

Таким чином, індукційна взаємодія пропорційна r ^–6 і не залежить від Т. Теорія індукційних диполь-дипольних взаємодій була створена Дебаєм (1920 р.) і Фалькенхаге­ном (1922 р.).

Дисперсійні (Ван-дер-Ваальсівські) взаємодії. Ці взаємодії визначають внутрішньо- та міжмолекулярні взаємодії атомних груп і молекул, насичених валентними зв’язками. Вони не залежать від зарядів q, дипольних p і квадрупольних Q_ab моментів. Зокрема, ці взаємодії відповідають за існування молекулярних кристалів. Ще одна назва дисперсійних взаємодій – Ван-дер-Ваальсівські взаємодії – пов’язані з тією важливою обставиною, що вони визначають поправку на тиск у рівнянні стану Ван-дер-Ваальса для реальних газів.

Дисперсійні сили мають квантовий характер. Теорія дисперсійних сил була створена для частинного випадку в 1927 р. Вантоле, а для загального випадку в 1930 році Лондоном. У 1948 році було враховано запізнення дисперсійної взаємодії на великих відстанях, тобто той зрозумілий факт, що будь-яка взаємодія повинна поширюватися у просторі із скінченою швидкістю. Це зробили Казимір і Польдер, які показали, що енергія міжмолекулярної дисперсійної взаємодії оберненопропор­цій­на відстані між молекулами в степені 7, тобто U_КП ~ 1/ r ⁷. У 1955 році Є. М. Ліфшиц створив загальну теорію Ван-дер-Ваальсівських сил між макроскопічними тілами.

Формула Лондона для дисперсійних (Ван-дер-Ваальсівських) сил отримується при розв’язанні рівняння Шредінгера за допомогою так званої теорії збурень. Її суть полягає у врахуванні миттєвого значення електростатичної енергії взаємно індукованих диполів двох молекул з наступним усередненням по їх орієнтаціях. Формула Лондона має такий вигляд:

. (6.6)

Тут Дж · с – стала Планка, поділена на 2 p, a і w ₀ – поляризовність та власна частота гармонічних осциляторів, за допомогою яких можна описати рух електро­нів у атомі.

Величина енергії дисперсійних (Ван-дер-Ваальсівських) взаємодій має порядок декількох кДж/моль. Такий самий порядок має енергія випаровування рідин.

Гідрофобні взаємодії. Біополімери – білки і нуклеїнові кислоти – знаходяться у водному середовищі. Між молекулами води і неполярними атомними групами діють сили відштовхування – гідрофобні сили. Це – так званий ентропійний ефект, який пов’язаний з особливостями структури води. Гідрофобні взаємодії відіграють важливу роль у формуванні структури білків, мембран тощо. Так, саме завдяки гідрофобним взаємодіям між водним оточенням та “хвостами” фосфоліпідних молекул, які складаються з неполярних залишків жирних кислот, а також гідрофільним взаємодіям, тобто силам притягання, між полярними “головками” фосфоліпідних молекул та молеку­лами води, що мають постійні диполі, відбувся процес самозбірки – утворення подвійного шару фосфолі­під­них молекул. Внаслідок цього еволюційного детерміно­ваного процесу створилися цитоплазматичні мембрани клітин, що представляють собою основні елементи живих систем.

Зупинимося на питанні про структуру білкових молекул більш докладно. Як відомо, первинна структура визначаєть­ся послідовністю амінокислотних залишків у білковому ланцюгу; вторинна структура – це є спіральна структура білкових молекул і нуклеїнових кислот; третинна структура пов’язана з утворенням глобул; нарешті, четвертинна структура формується за рахунок об’єднання кількох глобул. Саме дві останні структури (особливо четвертинна) значною мірою існують завдяки гідрофобним взаємодіям.

Утворення структур пов’язане з дією різних сил. Ми вже казали, що єдині сильні сили у білковій глобулі – це ковалентні (хімічні) сили, які утворені, зокрема, дисульфід­ними зв’язками – сірчані місточки S-S. Енергія цих зв’язків дорівнює 240 кДж / моль. Але, якщо б більше не було ніяких сил, то білковий ланцюг був би негнучкий і нагадував, наприклад, каучук. Тому в біополімерах діють також і більш слабкі зв’язки – електростатичні, Ван-дер-Ваальсівсь­кі, водневі та гідрофобні взаємодії.

Молекули, що мають як полярні, так і неполярні групи, розташовуються у водному середовищі так, що полярні (гідрофільні) групи контактують з водою за рахунок диполь-дипольних сил притягання, а неполярні групи з водного середовища вилучаються через гідрофобну взаємодію.

Серед амінокислотних залишків білків, як зазначалося, існують як полярні (гідрофільні), так і неполярні (гідро­фобні) ділянки. Полярні амінокислотні залишки (Асп, Тир, Гіс, Ліз, Арг, Сер, Тре) – гідрофільні. Решта 12 залишків вважаються гідрофобними. Оскільки у білковому ланцюгу є слабкі зв’язки, то він може згорнутися у глобулу, при цьому гідрофобні ділянки будуть всередині, а гідрофільні – ззовні. Якщо концентрації других, тобто гідрофільних, достатньо для покриття поверхні сферичного гідрофобного ядра, то глобула має сферичну форму. Якщо ж їх не вистачає і на поверхні глобули з’являються гідрофобні ділянки, то такі глобули об’єднуються, щоб заховати ці гідрофобні ділянки від водного оточення. Саме такий механізм визначає утворення четвертинної структури – об’єднання між собою кількох глобул. Так, молекула гемоглобіну містить чотири глобули, вірус тютюнової мозаїки – близько 2000 глобул тощо. До питання про форму глобули ми ще повернемося нижче.

Водневі зв’язки. Ряд сполук (спирти, феноли тощо) утворюють стійкі асоціати, які мають певні аномалії в їх фізико-хімічних властивостях (наприклад, підвищення температури кипіння, зменшення міжатомних відстаней та ін.) Виявилося, що подібні властивості мають сполуки, до складу яких входять атом водню в групах типу ОН та NH. Так виникла ідея про водневі зв’язки. Вперше поняття водневих зв’язків було введено у 1920 році Латимером і Родебургом для пояснення властивостей асоційованих речовин, зокрема води. Атом водню, що міститься в групах О-Н, N-H, H-F, H-Cl і інколи S-H і C-H утворює специфіч­ний зв’язок з атомами O, N, F, Cl тієї самої або іншої молекули. В цих комплексах, які схематично можна зобра­зи­ти у вигляді Х…Н-У, атом водню відіграє роль мосту між електровід’ємними атомами.

Водневі зв’язки поділяють на внутрішньо-молекулярні та міжмолекулярні. Останні, в свою чергу, бувають за силою середні (нейтральні) та міцні (іонні). Нейтральні міжмолекулярні водневі зв’язки існують між нейтральними молекулами і є типовими для розчинів спиртів, карбонових кислот тощо. Такі водневі зв’язки мають енергію в інтервалі 4–60 кДж/моль, що приблизно на порядок менше за енергію ковалентних (хімічних) взаємодій. При цьому відстані між атомами Х і У складають до 0.3 нм. Положення протона Н у водневому зв’язку відповідає мінімуму на кривій потенці­аль­ної енергії U (див. мал. 6.5)

Мал. 6.5. Криві потенціальної енергії взаємодії при наявності водневих зв’язків.

Випадок а) характеризує асиметричну криву потенці­аль­ної енергії з двома мінімумами. Більша глибина лівого мінімуму означає, що протон знаходиться ближче до атому Х. В другому випадку крива потенціальної енергії є симетричною – вона має один мінімум, що відповідає одній і тій самій відстані між двома однаковими електровід’єм­ними атомами Х.

В тих випадках, коли електровід’ємні іони (Сl ^–, F ^–та інші) утворюють водневі зв’язки з молекулами, до складу яких входять групи ОН, NH, FH, H₂O тощо, виникають міцні (іонні) водневі зв’язки з енергією 55–250 кДж/моль і з досить короткими відстанями між атомами Х і У. Так, водневий зв’язок у комплексі Сl^–…HOH характеризуєть­ся енергією 55 кДж/моль з рівноважною відстанню r_ху = 0.33 нм, тоді як в комплексі [F…H…F]^– енергія утворення цього комплексу набуває значення 252.8 кДж/моль, що є близьким до енергії ковалентних (хімічних) зв’язків. Рівно­важ­на відстань між іонами фтора в комплексі [F…H…F]^– дорівнює 0.22 нм, тобто вона в 1.5 рази менша за відстань між іоном хлора і групою ОН в комплексі Сl^–…HOH.

Як вже вказувалося, наявність водневих зв’язків призводить до підвищення температури кипіння (див. табл. 6.3) та інших фізико-хімічних властивостей речовин.

Таблиця 6.3. Значення температури кипіння при наявності водневих зв’язків

Речовина	Ткип, К
H2O
H2Te
NH3
H2Se
H2S
CH4

 

Температура кипіння підвищується у ряді спорідне­них сполук (наприклад, Н₂S, H₂Se, H₂Te) із збільшенням молекулярної ваги.

Аномально високі температури тверднення і кипіння води – це є також результат утворення водневих зв’язків. Якщо б у воді були відсутні водневі зв’язки, то її темпера­тура тверднення Т_тверд (за теоретичними оцінками) мала бути Т_тверд = –100^о С, а не Т_тверд = 0^о С, як є в дійсності. За цими ж оцінками температура кипіння у відсутності Н-зв’язків має бути приблизно Т_кип = –80^о С, тоді як в дійсності Т_кип = 100^о С, тобто стає на 180^о вище саме завдяки наявності водневих Н-зв’язків.

Треба зазначити, що водневі зв’язки значною мірою визначають стійкість вторинної структури білків. Саме внутрішньомолекулярні Н-зв’язки між групами поліпептид­ного ланцюга підтримують a -спіральну структуру білка.

Прийнято вважати, що потенціальна енергія водневих зв’язків може бути апроксимована сумою двох доданків

U_вод.зв = U_міжмол + U_кул, (6.7)

де перший доданок визначає енергію міжмолекулярної взаємодії, а другий – кулонівську енергію іон-іонної взаємо­дії (див. формулу (6.1)). Звичайно, енергія міжмолекулярної взаємодії задається формулою

, (6.8)

яка у відповідності до моделі Леннард-Джонса враховує як сили відштовхування, так і сили притягання (перший і другий доданки в формулі (6.8)). Досить поширеним є таке представлення для потенціалу міжмолекулярної взаємодії, в якому m = 12, n = 6 (так званий потенціал Мі). Зауважимо, що значення n = 6 для потенціалу сил притягання має своє обгрунтування в теорії диполь-дипольної взаємодії (див. формули (6.4)–(6.6) для орієнтаційної, індукційної та дисперсійної взаємодії). Що стосується показника m = 12 для потенціалу сил від­штовхування, то він обирається у ви­гляді m = 2 n з мір­кувань математичної зруч­­­ності. Коефі­ці­єнт e в формулі (6.8) визначає глибину по­тенціальної ями (мал. 6.6), тоді як коефіцієнт s характе­ри­зує ту відс­тань між двома молекулами (атома­ми), де сили відштов­ху­вання і притягання взаємно врівнова­жу­ють­ся. При r ® s потен­ці­аль­на енергія міжмолекулярної взаємодії прямує до нуля.

На закінчення цього параграфу наведемо підсумкову таблицю, яка містить в собі формули для енергії міжмо­лекулярної взаємодії в залежності від їх типу (табл. 6.4).

Таблиця 6.4.

пп	Тип зв’язку (взаємодій)	Приклад	Формули для енергії взаємодій
	Ковалентні (хімічні, обмінні)	Зв’язки, які визнача­ють первинну струк­ту­ру	Простої залежності немає
	Іон-іонні	СОО–		, ф-ла (6.1)
	\
Са2+
	/
СОО–
	Іон-дипольні	Na + (H2O) n	, ф-ла (6.2)
	Диполь-дипольні	SO2 SO2	, ф-ла (6.4)
	Диполь-індукований диполь	НCl		, ф-ла (6.5)
	\
C6H6
	/
H2O
	Дисперсійні	Взаємодія між двома атомами водню або гелію	, ф-ла (6.6)
	Водневі	– С = О... Н – N –	Uвод.зв. = Uміжмол. + Uкул.
	Гідрофобні	Формування ліпід­ного бішару і непо­ляр­них областей у білку	Простої залежності немає