В другій половині 50-х рр. XVI ст. стосунки між Великим князівством Литовським і Московією значно загострилися і в 1558 р. переросли в Лівонську війну. Невдачі литовської армії в Прибалтиці й Білорусі та пожвавлення визвольних настроїв руського населення поставили Литву на межу воєнної катастрофи й державного існування. З іншого боку, польська шляхта вперто прагнула інкорпорації Литви, не припиняючи при цьому свого проникнення на українські землі. З допомогою підкупів офіційних посадових осіб, шлюбів, успадкувань маєтків і офіційних наділів польська шляхта й магнати розширювали земельні володіння й займали щодалі більше посад на Підляшші, Волині й Поділлі. Відбувалося неконтрольоване властями проникнення польського панства вглиб України. Неминуче мало постати питання про офіційне затвердження шляхетських надбань. Всі скарги місцевих магнатів на порушення привілею Казимира 1447 р., яким заборонялося роздавати землі в Литовському князівстві: іноземцям, залишалися без відповіді. Щодо приєднання українських земель та інкорпорації Литви до Польщі українська знать займала неоднозначну позицію. Дрібна й середня шляхта підтримувала цю ідею, сподіваючись таким чином обмежити диктатуру магнатів і зрівнятися в правах з польською шляхтою, а магнати — ні, побоюючись втратити свої статки й вплив на вирішення державних справ. Литовські магнати виступали проти інкорпорації Литви, але були зацікавлені в унії з Польщею для боротьби проти Московської держави й зміцнення власного становища в незалежній Литві.
У січні 1659 р. в Любліні почав роботу польсько-литовський сейм, який мав вирішити питання про унію двох держав. Великі литовські та руські магнати вирішили зірвати сейм, роз'їхалися по своїх латифундіях і почали ратувати за підготовку до воєнних дій проти Польщі. Тим часом, спираючись на підтримку польської й волинської шляхти, польський король Сигізмунд II Август у березні 1569 р. видав універсал про приєднання Підляшшя й Волині до Польського королівства. Згідно з ним місцева шляхта зрівнювалася у правах з польською. Посольство литовських і руських магнатів, поспіхом відправлене на сейм, лише несміливо просило скасувати рішення короля й скликати новий сейм. У відповідь польський король і сейм оголосили посполите рушення й нахвалялися відібрати маєтки у тих панів, які не присягнуть на вірність короні польській. Прибулі на сейм брацлавські магнати на чолі з князем Романом Сангушком склали таку присягу. А потім разом із волинськими магнатами почали домагатися приєднання й Київщини, де багато з них мали великі володіння, б червня їхні наполягання були задоволені. Спеціальним актом було проголошено приєднання Київщини до польського королівства. Більшість українських земель опинилася під владою Польщі.
Після втрати України литовські магнати мусили розпрощатися зі сподіваннями на державну незалежність. 1 липня 1569 р. посли Великого князівства Литовського підписали акт про унію між Литвою і Польщею. За умовами унії обидві держави об'єднувалися в єдину Річ Посполиту. Передбачалося, що її очолюватимуть виборний король, спільний сейм і сенат, а договори з іноземними державами укладатимуться від імені Речі Посполитої. Чільники обох держав діставали право на володіння маєтками на всій території Речі Посполитої. Митні кордони ліквідовувалися, запроваджувалася єдина грошова система. За Литвою зберігалася лише обмежена автономія у вигляді власного права й суду, адміністрації, війська, фінансового скарбу й державної мови.
Об'єднання в одній державі військового й економічного потенціалу Польщі, України та Литви поставило Річ Посполиту в один ряд з наймогутнішими країнами Європи, й вона почала здобувати перемогу за перемогою в Лівонській війні з Московією. Однак за умовами перемир'я з нею 1682 р., Україна нічого не одержувала: її чернігово-сіверські території продовжували залишатися у складі Московії. Поступово зростає невдоволення широких кіл населення кріпосницькою та централізаторською політикою московського царизму. Йшлося до загального повстання. Його початок пришвидшили й ініціювали правлячі кола Речі Посполитої, підтримавши в 1604 р. претензії Лжедмитрія І на царський престол. Почався "смутний" час в історії Росії, в якому не останню роль відіграло чернігово-сіверське населення. Розпалена на Чернігово-Сіверщині "смута" звела на російський престол Лжедмитрія І, потрясла Московію селянською війною під проводом Івана Болотникова й поставила її на межу самостійного існування при спробі Лжедмитрія II стати російським царем. Активна участь українського населення в подіях "смутного часу" змусила московський уряд відступитися від чернігово-сіверських земель. За умовами Деулінського перемир'я 1618 р. Чернігово-Сіверщина відійшла до Речі Посполитої й так приєдналася до материнського ядра. Відірваними від українських земель були Північна Буковина й Закарпаття. Північна Буковина під назвою Шипинської землі тривалий час зберігала автономію в складі Молдавського князівства, яке вважалося васалом Польщі. У 1514 р. ці землі захопила султанська Туреччина, запровадивши на них жорстокий окупаційний режим. Українське Закарпаття опинилося під владою Угорщини, а з 1526 р. — султанської Туреччини й австрійських Габсбургів. Зміна влади суттєво не позначилася на традиційному курсі мадяризації й покатоличення українського населення.
