Обоснование всей философской системы Конта дано в его учении о трех стадиях развития человеческого мышления и познания: 1) «теологической», 2) «метафизической» и 3) «позитивной». На «теологической» стадии круг знаний, которыми располагают люди, ограничен, в мышлении господствует воображение. При объяснении явлений природы люди допускают существование фантастических существ — богов и духов. В практической жизни теологическая стадия характеризуется безграничной силой авторитета, в политической — это эпоха монархического строя. На «метафизической» стадии первым началом признается уже не бог, а природа, или некая абстрактная «сущность». Проявлениями этой сущности оказываются различные отдельные силы. Но и «метафизическая» стадия лишь переходное состояние в развитии общества. На этой стадии расшатывается авторитет, усиливается в отдельном человеке эгоизм и ослабляется его связь с обществом. В этот период возрастает роль рассудка за счет чувства. В политической жизни господствует стремление поставить на место власти монархов власть народа.
Высшая, последняя стадия развития познания и общества вообще — «позитивная», или научная, стадия, для которой характерны отказ от теологии и метафизики и переустройство общественной жизни на основе положительного знания. Это знание доставляется не только математикой, астрономией, физикой и химией, но также биологией и наукой об обществе — «социологией». Цель «позитивной» науки и условие ее возможности — выявление порядка и законов природы и общества. Все «метафизические» проблемы, т. е. вопросы о сущности бытия, объявляются принципиально неразрешимыми. Провозглашая задачей науки и философии познание законов природы и общества, Конт понимает эти законы как итог наблюдения постоянных отношений между изучаемыми явлениями. Познание этих отношений— единственный подлинно научный и «позитивный» вид знания. «Позитивная» стадия, по утверждению Конта, преодолевает разрыв между теорией и практикой, свойственный «метафизической» стадии. Познание законов явлений делает возможным предвидение их будущего действия. Цель знания — «видеть, чтобы предвидеть», и опираясь на предвидение, активно вмешиваться в течение событий.
Контовская теория «трех стадий» развития человечества — идеалистическая конструкция. Решающей движущей силой общественного прогресса Конт объявляет прогресс знания, состоящий в переходе от религиозных представлений о сверхъестественных существах к абстрактному понятию о природе и от этого понятия — к «позитивной» науке.
Конт колеблется между слабо выраженной материалистической тенденцией и идеализмом, всюду у него господствующим. При этом преобладающий у Конта идеализм выступает то в виде объективного, то в виде субъективного идеализма. Взгляд Конта на предмет философии противоречив. Конт то признает, то отрицает наличие у философии своего предмета, отличного от предметов специальных наук. С одной стороны, по его утверждению, философия только обобщающая сводка результатов, добытых специальными науками. В этом смысле философия не имеет никакого особого предмета познания. С другой стороны, в самой задаче такого обобщения Конт видит и нечто специфическое, свойственное только философии. Так, по Конту, ни одна из специальных наук не может понять связи знаний, выходящих за границы ее собственной области. Специальные науки ограничены разделением труда, видят каждая только свой предмет. «Позитивная» же философия исследует отношения между специальными науками, их связи.