Начавшаяся война с ее огромным размахом, материальными издержками и потерями, потребовала кардинального изменения всей системы политического, государственного и военного руководства. В связи с мобилизацией всех сил и ресурсов страны, использования их в интересах достижения целей войны, возникла необходимость в максимальной централизации руководства государством со сосредоточением всей полноты власти в руках одного полномочного органа. Таким органом стал образованный 30 июня 1941г. по решению Президиума Верховного Совета СССР, ЦК ВКП(б) и СНК СССР Государственный Комитет Обороны (ГКО). Этот орган, обладавший всей полнотой власти в воюющей стране, объединял военное, политическое и хозяйственное руководство. В состав ГКО, председателем которого стал И. В. Сталин, а его замом – В. М. Молотов, вошли Ворошилов, Берия, Маленков, затем Булганин, Вознесенский, Каганович, Микоян. ГКО обладал следующим кругом полномочий: 1.назначал и смещал командование, 2.готовил резервы для армии, 3.налаживал работу народного хозяйства для нужд войны, 4.занимался проблемой снабжения страны и армии, 5.определял распределение рабочей силы. По мере необходимости при ГКО создавались различные временные советы и комиссии – 14 февраля 1942г. при ГКО был образован Транспортный комитет, в обязанности которого входили планирование и регулирование перевозок на железнодорожном, морском и речном транспорте, координация работы всех видов транспорта и выработка мероприятий по улучшению их материальной базы. Не создавая собственного разветвленного аппарата на местах, ГКО руководил страной через существовавшие аппараты ЦК партии, Совнаркома, а также через местные партийные и советские органы. В наиболее важных отраслях народного хозяйства действовал институт уполномоченных ГКО, обладавших неограниченными правами и отвечавших за выполнение заданий ГКО. Полномочия ГКО, по существу, были безграничны.
В основу перестройки страны на военный лад был положен принцип максимальной централизации политического, хозяйственного и военного руководства. 30 июня 1941г. был утвержден общий мобилизационный народнохозяйственный план, предусматривавший в кратчайшие сроки перестройку экономики на военный лад. Для общего руководства эвакуацией был создан Совет по эвакуации. Также в годы войны при Совнаркоме СССР был создан ряд новых органов, в том числе Совет по эвакуации, Главснабнефть, Главснабуголь, Главснабгаз, Комитет по учёту и распределению рабочей силы, Управление по эвакуации населения, Управление по государственному обеспечению и устройству семей военнослужащих. Образовался также ряд новых наркоматов, расширялись их права в области финансов, распределения материальных ресурсов, строительства.
