I.3. Факты, которые трудно объяснить с помощью общепринятой концепции.

Простая концепция утраты генов за ненадобностью не объясняет реальной картины происходящего и, соответственно, оставляет ряд вопросов открытыми.

1. Близкие родственники микроорганизмов, претерпевших редукцию генома, свои геномы не уменьшали, хотя являлись и являются патогенными паразитами (B. henselae, M. tuberculosis, B. pseudomallei, B. bronchiseptica). Геномы некоторых из этих бактерий даже приобретали генетический материал за счёт горизонтального переноса [88, 59, 44, 37].

Существует попытка объяснить различные направления эволюции геномов (потеря против приобретения генов) у близкородственных патогенных бактерий тем, что утрачивающие генетический материал бактерии являются «специалистами», т.е. существуют в одном организме (например, человека), тогда как их родственники, не претерпевающие редукцию геномов, являются «генералистами», т.е. способны инфицировать различных хозяев [9]. В качестве «специалистов» приводятся B. quintana, Rickettsia prowazekii и B. pertussis, а «генералистов» — их ближайшие родственники B. henselae, Rickettsia conorii и B. bronchiseptica, соответственно. Подразумевается, что геномы «генералистов» не теряют генетический материал, который поддерживается естественным отбором, т.к. нужен для осуществления возможности инфицировать более широкий круг хозяев.

Но, во-первых, возбудитель R. prowazekii, обозначенный как «специалист», был обнаружен в родственниках белки — летягах [24], а во-вторых, геномы «генералистов» тоже теряют гены. Это показано и для B. bronchiseptica и для B. henselae [76, 9]. Например, в штаммах B. bronchiseptica комплекса IV, выделеных от людей, отсутствовали или были сильно изменены за счет дивергенции более 230 генов по сравнению со штаммами комплекса I, выделенных от животных, то есть наблюдалась компактизация генома, что ранее относили только к штаммам B. pertussis и B. parapertussis, выделенных от человека[76]. Важно, что в 8 из 13 изученных штаммов B. bronchiseptica комплекса IV был утрачен ген dnt, кодирующий внутриклеточный дермонекротический токсинDnt, который активирует малую GTP-азу Rho. Предполагается, что Dnt, в конечном счёте, необходим для колонизации B. bronchiseptica верхних дыхательных путей поросят [27], хотя наиболее вероятно, что его роль в патогенезе не зависит от того, какой хозяин инфицирован бордетеллами. Наряду с частой потерей гена dnt, у штаммов B. bronchiseptica комплекса IV наблюдали высокий процент утраты гена коклюшного токсина рtx, который, как и ген dnt, всегда присутствует в штаммах B. pertussis. То есть, в этих случаях мы не наблюдаем даже намёка на то, что штаммы B. bronchiseptica комплекса IV теряют участки генома, адаптируясь к новой экологической нише (человеческому организму), и повторяя путь, пройденный B. pertussis. Иными словами, наблюдаемая утрата генов у штаммов B. bronchiseptica комплекса IV не носит адаптивного (к организму человека) характера.

Таким образом, очевидно, что утрата частей генома имеет место не только у «специалистов», но и у «генералистов», и что компактизацию геномов последних вряд ли можно объяснить повторением пути «специалиста» или адаптацией к новой экологической нише.

2. Оказалось, что редукция генома наблюдается не только у паразитов и эндосимбионтов, но и у свободноживущих микроорганизмов. Речь идёт о Prochlorococcus marinus, морской одноклеточной цианобактерии, численно доминирующей в фитопланктоне тропических океанов. Адаптированные к высокой степени освещённости организмы (HL) имеют самый маленький геном из известных у автотрофов (1 657 990 н.п., 1,716 генов). Редукция генома у HL штаммов привела к резкому снижению содержания в ДНК G+C и утрате репаративных генов, ответственных за корректирующую функцию [41, 85]. Судя по всему, это первый документированный случай компактизации геномов у свободноживущих микроорганизмов[41, 85, 42, 51].

Также показателен пример редуктивной эволюции у представителей рода Burkholderia. Редуктивный характер изменений генома показан не только для высокопатогенного B. mallei, но и для свободноживущего сапарофита B. thailandensis. При этом характер делеций у B. mallei и B. thailandensis различен. Эти данные означают, что в ходе эволюции от общего предшественника, близкого к B. pseudomallei, геном B. thailandensis утрачивал ДНК, не будучи паразитом. Поскольку и паразит — B. mallei, и сапрофит — B. thailandensis движутся по пути компактизации геномов, за счёт различий в условиях их существования можно пытаться отнести только тип делеций, но не направление эволюции геномов этих бактерий [73, 55].

Таким образом, наблюдается редукция геномов не паразитических микроорганизмов B. thailandensis и P. marinus.

Следовательно, учитывая редукцию геномов свободноживущих непатогенных бактерий, паразитизм или эндосимбиотизм не могут считаться единственной и главной причиной редуктивной эволюции.

3.Почему-то подразумевается, что гены, не поддерживаемые естественным отбором, должны утрачиваться. Нам не известны экспериментальные доказательства приобретения селективного преимущества за счёт утраты нейтральной генетической информации. Есть доказательства противоположного: отсутствия селективных преимуществ в результате потери генетического материала [98]. Кроме того, существует огромное количество данных о сохранении в геномах не кодирующей ДНК или генов, не оказывающих влияние на фенотип, включая повторы различного типа, IS-элементы, псевдогены и т.п. Короткие повторяющиеся последовательности в различном количестве копий сохранились даже в редуцированном до минимума геноме M. genitalium [104], а псевдогены и не кодирующие повторы (хотя и в очень незначительном количестве) обнаружены в одном из самых маленьких из известных на настоящий момент геноме Nanoarchaeum equitans — единственного паразита среди архей и единственного представителя нового царства наноархей [109]. Участки геномов, занятые повторами различного типа, IS-элементами, псевдогенами никак не могут сохраняться под влиянием естественного отбора в его классическом понимании, но не утрачиваются.

4. И, наконец, потеря того или иного гена в огромном большинстве случаев присходит не как таковая, а в составе фрагмента ДНК, включающего утрачиваемый ген. Более того, этот процесс часто многоступенчатый: сначала ген инактивируется за счёт мутации, а затем псевдоген утрачивается в составе более крупного фрагмента ДНК за счёт делеции[10, 97].То есть, правильнее было бы говорить не о том, что ген стал не нужен в создавшихся условиях (например, паразитизма), а фрагмент ДНК, содержащий уже псевдоген и, возможно, другие гены, стал почему-то не нужен. Получается, что в этой ситуации естественный отбор не способствует сохранению некого фрагмента ДНК, не кодирующего ранее существовавший признак. На что же ориентирован естественный отбор, удаляющий фенотипически не значимый псевдоген? Учитывая экспериментальный факт отсутствия селективных преимуществ в результате потери генетического материала [98], это не понятно и не укладывается в простую картину утраты гена «за ненадобностью».

Если отвлечься от бактерий, то можно отметить, что противоположно направленные процессы редукции и экспансии геномов происходят и у одноклеточных эукариотов [63], и у растений, и у насекомых, которые не являются ни эндосимбионтами, ни патогенными паразитами [см. 49, 20, 79, 80].Масштабы этого явления гораздо большие, чем у бактерий. В результате процессов редукции и экспансии различия в общем количестве ДНК в клетках растений разных видов достигли 1000 раз, а у эукариотических организмов отличия доходят до 200 000 раз [56].

Следовательно, концепция редукции бактериальных геномов в связи с утратой значительной части генетической информации «за ненадобностью», как не поддерживаемой естественным отбором, вряд ли вообще что-то объясняет.