Основним документом, що регулює внутрішню організацію у виробничому кооперативі, як і в інших об'єднаннях, є його статут, що приймається загальними зборами. Після прийняття статуту кооператив підлягає державній реєстрації. У статуті мають визначатися фірмове найменування кооперативу, місце його знаходження, а також утримуватися умови розмір пайових внесків членів кооперативу; про склад і порядок внесення пайових внесків членами кооперативу та про їхню відповідальність за порушення зобов'язань по внесенню зазначених внесків; про характер і порядок трудової та іншої участі членів кооперативу та його діяльності і про їх відповідальність за порушення зобов'язань щодо особистої трудової та іншого участі; про порядок розподілу прибутку і збитків кооперативу; про розмір і про умови субсидіарної відповідальності членів кооперативу по його боргах; про склад і компетенції органів управління кооперативом і порядок прийняття ними рішень, в тому числі з питань, рішення по яких приймаються одноголосно чи кваліфікованою більшістю голосів; про порядок виплати вартості паю або видачі відповідного йому майна особі, який припинив членство в кооперативі; про порядок вступу в кооператив нових членів; про порядок виходу з кооперативу; про підстави та про порядок виключення з членів кооперативу; про порядок утворення майна кооперативу; про філії та представництва кооперативу; про порядок реорганізації та ліквідації кооперативу.
Вищим органом управління виробничим кооперативом, як і іншими кооперативами, є загальні збори його членів, виконавчі органи - колегіальне правління або (у невеликих кооперативах) його голова. Виконавчими органами можуть бути також правління і голова. У невеликих сільськогосподарських кооперативах з кількістю членів менше 25 можуть обиратися тільки голова кооперативу та його заступник. Функції управління, зокрема в сільськогосподарському кооперативі, з 2003 р. може здійснювати виконавчий директор, який займає цю посаду за наймом (за трудовою угодою).Виконавчому директору вправі бути передані деякі повноваження голови кооперативу. Правління завжди обирається загальними зборами, голова кооперативу може бути обраний і загальними зборами, і правлінням (це визначається статутом кооперативу). У кооперативі з числом членів більш 50 може бути створена наглядова рада. Членами наглядової ради та членами правління кооперативу, а також головою кооперативу можуть бути тільки члени кооперативу. Член кооперативу одночасно не може бути членом наглядової ради і членом правління (головою) кооперативу.
