На самом деле сословие духовенства было внутренне иерархично. Низшую степень занимали клирик или диакон приходской церкви. Он помогал священнику отправлять службу, а в его отсутствие Мог читать молитвы. Обряд поставления священников выполнял епископ, которому надлежало прежде всего проверить грамотность и моральный уровень посвящаемого. Кроме того, епископы проверяли имущественное положение будущего священника, поскольку брали на себя обязательство «не дать умереть с голоду» тому, кого посвящали. Если у клирика нет постоянного дохода, он мог получить его у какого-нибудь лица или монастыря.
Приходские священники являлись низшим звеном в среде священнослужителей и могли делиться на два разряда: тех, кто имел свою землю, жил на ней и был самостоятельным, и тех, кто находился под покровительством какого-либо учреждения (обычно монастыря), которое присваивало себе 2/3 доходов его церкви. Часто священник, выбившийся в ряды духовенства из крестьян, и в церковном сане продолжал вести крестьянский образ жизни.
Следующим чином в духовной иерархии был чин епископа, который включал в себя и архиепископов. По своему влиянию, размеру, доходности епископства бывали самые разные, От совсем небольших, находившихся в зависимости от короля, до практически самостоятельных государств (например, архиепископство Майнц-ское в Германии). Епископы — подлинные князья церкви — по своему происхождению обычно принадлежали к знатным семействам. Епископа избирало духовенство его области, и он фактически становился крупным сеньором. Епископы становились вассалами короля или территориального князя со всеми вытекающими обязательствами, вплоть до участия в походах и командования военными отрядами. Управляли епископы церковью при помощи капитула, который состоял из каноников.
Особое положение среди епископов занимал Римский епископ — папа. Он тоже имел свой капитул — курию, члены которой назывались кардиналами. Они избирали нового римского папу, они же выполняли административные функции и, в частности, в качестве легатов — посланцев — осуществляли папский контроль над всеми священниками и даже по мере возможностей над светскими правителями. Кроме того, папа выступал как светский властитель — территориальный князь Рима и папской области в центральной Италии.
Переход с одной ступени иерархии на другую предполагал посвящение, которое сопровождалось определенными ритуальными действиями. Поставление священником означало наложение рук епископом на посвящаемого, помазание, передачу вина и хлеба — символов его действий — и поцелуй как знак верности. Еще более торжественным было посвящение в епископы, когда происходило помазание головы мирром и передача новому епископу посоха и кольца.
Духовенство, хотя и скованное принципами целибата, жило в миру и соблюдало мирские нормы поведения. Несмотря на свою внешнюю обособленность, духовенство не стало строго отделенным разрядом средневекового общества. Во всяком случае, этого не произошло до Контрреформации XVI в.