Жаберный аппарат миноги открывается на поверхности тела 7 парами наружных жаберных отверстий, которые ведут в жаберные мешки, соединенные внутренними жаберными отверстиями с дыхательной трубкой. Последняя, слепо оканчивается позади и представляет собой производное глотки, «отгородившейся» от продолжения кишечной трубки (представленной в этой области пищеводом). Это произошло из-за опасности смешения двух жидких сред в глотке — воды и жидкой пиши (крови рыб). Всасыванию воды из дыхательной трубки в ротовую полость при кормежке препятствует парус (velum) — двустворчатый клапан в переднем конце дыхательной трубки, пассивно захлопывающийся даже при слабом движении воды сзади вперед
Стенки жаберного мешка покрыты изнутри лепестками 1-го порядка в виде невысоких складок, проходящих как бы по меридианам от наружного отверстия к внутреннему. На обеих поверхностях каждой складки (ближе к свободному краю) сидят бесчисленные маленькие лепестки 2-го порядка, ориентированные в целом поперек первых. Между основаниями соседних лепестков 1-го порядка остается свободный краевой канал жаберного мешка, над которым лепестки 2-го порядка почти смыкаются.
Механизм дыхания миноги выглядит следующим образом. Благодаря особой системе клапанов при наружном жаберном отверстии через него выходит вода только из краевых каналов, в которые она попадает из центральной полости мешка, проходя по узким щелям между лепестками 2-го порядка. Таким образом, в мешке реализуется однонапраапенное процеживание воды сквозь образованный лепестками фильтр, обеспечивающее интенсивное и однонаправленное омывание лепестков. При свободном плавании миног вода входит через рот в дыхательную трубку, а затем в мешки и наружу; у присосавшейся особи она входит через наружные отверстия.
У миксин жаберные мешки соединены с поверхностью тела вытянутыми и наклонными (а у многих — объединяющимися) каналамиблагодаря чему наружные отверстия мешков сильно сдвинуты назад. Поскольку миксины питаются в основном падалью и-способны выгрызать в ней ходы, куда погружают передний конем тела, этот сдвиг может показаться адаптацией, защищающей жаберные мешки от перекрытия наружных отверстий стенками хода. Однако едва ли миксина может набирать воду через эти отверстия, поскольку лишена какого-либо жаберного скелета. Она имеет перед глоткой систему подвижных мускулистых лопастей, так называемый велярный аппарат, который, вероятно, позволяет ей активно прогонять (по принципу вентилятора) через жаберные мешки воду, входящую спереди в преназальный синус (см. рис. 153,6). Но во время кормежки миксины скорее всего не дышат, и смещенная назад позиция жаберных отверстий может быть полезна только в смысле защиты дыхательной системы от засорения.
