1. По виду нуклеиновой кислоты, служащей субстратом. Различают рибонуклеазы (РНК-азы) и дезоксирибонуклеазы (ДНК-азы).
2. По тому, концевые (экзо-) или внутренние (эндо-) фосфоэфирные связи распадаются, выделяют экзо- и эндонуклеазы.
3. По тому, какая связь фосфорного остатка с пентозой атакуется – с 5’- или 3’-углеродными атомами.
Примеры нуклеаз:
I. Эндонуклеазы
1) ДНК-аза-I. Ускоряет гидролиз внутренних фосфоэфирных связей между остатком фосфата и 3’-углеродным атомом дезоксирибозы.
ДНК+(n-1)Н 
О n олигодезоксирибонуклеозид-5’-фосфаты
Примером может служить панкреатическая ДНК-аза. Фермент состоит из 257 аминокислот, Mr=31000. Образуются олигодезоксирибонуклеотиды, состоящие из четырех нуклеотидов.
2) ДНК-аза-II. Ускоряет гидролиз внутренних фосфоэфирных связей, но между остатком фосфата и 5’-углеродным атомом дезоксирибозы.
ДНК+(х-1) Н О х олигодезоксирибонуклеозид-3’-фосфаты
Примером может служить ДНК-аза-II селезенки. Фермент состоит из 348 аминокислот, Mr=38000, содержит углевод.
Деполимеризация идет путем парных разрывов фосфоэфирных связей в цепях ДНК. Образуются олигодезоксирибонуклеотиды, состоящие из 6 нуклеотидных звеньев. Возможно, ДНК-аза-II является димером.
II. Экзонуклеазы.
Они последовательно ускоряют гидролиз концевых фосфоэфирных связей с оборазованием нуклеотидов. Субстратами служат ДНК, РНК и олигонуклеотиды, полученные с помощью эндонуклеаз. Гидролиз идет либо по 3’-, либо по 5’-углеродным атомам пентоз. В результате совместного действия эндонуклеаз и экзонуклеаз нуклеиновые кислоты распадаютсяна свобоные нуклеотиды: рибо- и дезоксирибонуклеозид-3’ 5’-фосфаты.
