Зерно может храниться в течение нескольких лет. Основным условием хранения являются определенная влажность зерна (не выше 14%), своевременное проветривание зерновой массы, при котором влажный и теплый воздух хранилища заменяется наружным холодным и сухим.
Нормальным процессом жизнедеятельности зерна при хранении является дыхание. Различают два вида дыхания – аэробное и анаэробное. Преобладающей формой является аэробное дыхание. При любом виде дыхания идет распад сахаров, образовавшихся за счет гидролиза крахмала, с выделением определенного количества энергии. Часть энергии расходуется для внутриклеточной работы, а другая часть выбрасывается в окружающую среду. Сухое созревшее зерно отличается слабой интенсивностью аэробного дыхания, что ведет к сохранению его свойств. При повышенных температуре и влажности интенсивность дыхания возрастает, увеличиваются потери сухого вещества, в зерне накапливается свободная влага, повышается его температура, что созывает благоприятные условия для самосогревания и порчи зерна, а также для развития микроорганизмов.
При хранении зерно может прорастать за счет попадания в него капельножидкой влаги, в результате чего резко возрастает активность ферментов, происходит гидролиз белков, жиров, крахмала до низкомолекулярных соединений, в итоге хлебопекарные свойства зерна резко снижаются. Прорастание сопровождается интенсивным дыханием зерна и большими потерями сухих веществ (до 50% и более). Единственным фактором, тормозящим этот процесс, является низкая влажность зерна. Прорастание зерна при хранении недопустимо.
Ухудшение качества зерна при хранении может происходить вследствие его зараженности вредителями хлебных запасов. Наиболее часто зерно повреждается жуками, клешами, реже - гусеницами бабочек. Жуки — наиболее опасные вредители, так как зерном питаются сам жук и его личинка, живущая в зерне. При заражении бабочками основной вред причиняют их гусеницы, поедающие зерно. Клещи отличаются малыми размерами (до 1мм) и способностью к быстрому размножению, они повреждают зародыш и эндосперм. Все вредители засоряют зерно продуктами своей жизнедеятельности. Пониженные температура и влажность замедляют их развитие. Заражение зерна вредителями хлебных запасов можно предотвратить. Для этого необходимо своевременно очищать, сушить и хранить зерно в чистых, обеззараженных складах, создавая оптимальные условия для хранения.