Одна из особенностей спектроскопии биополимеров состоит в необходимости работать с растворами, поскольку изучение таких больших молекул в газовой фазе невозможно. Спектральные исследования в твердой фазе осложняются дихроичными эффектами. Для подавляющего большинства белков и нуклеиновых кислот наиболее пригодными для имитации условий in vivo растворителями являются водные буферные растворы при рН = 7,0, содержащие достаточные количества электролитов (например, ~ 0,15 М NaCl). Использование воды в качестве растворителя автоматически ограничивает спектральные измерения областью длин волн, больших чем 170 нм. Ниже этого предельного значения поглощение даже очень тонких (~ 1 мкм) водных пленок столь велико, что регистрация на его фоне вклада от макромолекул практически невозможна. Из-за высокой полярности воды электронные полосы поглощения оказываются заметно шире, чем для большинства других растворителей.
Другая трудность связана с узостью температурного интервала, в котором белки и нуклеиновые кислоты сохраняются в нативном виде, т.е. не денатурируют. Кроме того, и сама вода существует в жидком состоянии в достаточно ограниченном диапазоне 0 – 100oС. Для белков и нуклеиновых кислот это не столь важно (денатурация наступает в еще более узком диапазоне), но для модельных соединений и экспериментов невозможность проводить измерения ниже 0oС и выше 100oС оказывается подчас весьма нежелательным обстоятельством.
