Когда рассматривается вопрос создания функциональной рекомбинантной ДНК, необходимо иметь в виду, что он касается не только конструирования с помощью биологических инструментов ДНК с новыми, заданными последовательностями нуклеотидов. Из системы in vitro, в которой полинуклеотиды с помощью ферментов образуют заданные новые последовательности, нужно осуществить переход in vivo, т.е., нужно перейти в живую систему, которая с помощью своих ферментных систем обеспечит основные генетические процессы: репликацию, транскрипцию и трансляцию. Матрицей для них будет созданная рекомбинантная ДНК. Таким образом, технология рекомбинантной ДНК подразумевает также систему “хозяин – рекомбинантная ДНК”. Окружающий нас живой мир многообразен, но управляющие им биологические законы универсальны. Именно это позволяет нам применять их для достижения собственных целей с помощью биотехнологии.
При создании рекомбинантной ДНК исследователь может преследовать разные цели. Первая, которая часто является и конечной целью – это наработка в достаточных количествах небольших фрагментов ДНК, необходимых для детального исследования всей исследуемой ДНК, например – полное секвенирование генома. Такая процедура называется клонированием, т.е. создается клон клеток, который содержит в составе рекомбинантной ДНК строго определенный участок изучаемой ДНК. Если же целью является изучение продуктов экспрессии каких-либо нуклеотидных последовательностей, то простого клонирования ДНК недостаточно. В этом случае конструируемая ДНК должна содержать определенные регуляторные последовательности, которые способны обеспечивать экспрессию последовательностей нуклеотидов в виде соответствующих мРНК, а затем и полипептидов.
