Шағын жинақты мектеп параллель сыныптардың болмауы, сыныптар санының аз болуы және бір сыныптағы оқушылардың жас шамалары әртүрлі болуына байланысты өз қызметін ұйымдастыру формалары мен әдістерін таңдауына құқылы.Шағын жинақты мектептің қызметін ұйымдастыруда мынадай қағидалар ескеріледі:- біріктірілген сыныптарда бірпәндік, біртақырыптық ұстанымдарға негізделген кіріктіре оқытуды ұйымдастыру;- біріктірілген сыныптардағы сабақтың дидактикалық кезеңдерін тиімді үйлестіретін икемді сабақ кестесін құру;- кіші және жоғары сынып оқушыларымен өздігінен жұмыстарды өткізуге мүмкіндік беретіндей сабақ жоспарларын ұйымдастыру;- оқу үдерісін әрбір оқушы тұлғасына психодиагностикалық сараптау, оның даму динамикасына байқау жасау, соның негізінде тиісті түзетулер енгізу арқылы ұйымдастыру;- әрбір білім алушы үшін оқытудың өзіндік траекториясын белгілеп, даралап және саралап оқытуға жағдай жасау;- білім беру процесінің технологиясы мен мазмұнының икемділігін, вариативтілігін жүзеге асыру;- әрбір оқушының өзін-өзі көрсете білу, өздігінен білім алу қабілетін дамыту;- білім берудің дамытушылық, шығармашылық және инновациялық сипаты;- шағын жинақты мектептің мәдени орталықтардан шалғай орналасқандығын ескере отырып, мектептегі тәрбиелеу және дамыту жұмыстарын басты назарға алу;- шағын жинақты мектеп жағдайында оқытудың ерекшеліктеріне сәйкес тиімді педагогикалық және ақпараттық-коммуникациялық технологияларды қолдану.Сыныптарды бiрiктiру тәжiрибесi екi нұсқада қарастырылады: аралас және әр жастағыларды бiрiктiру. Әртүрлі жастағы оқушылары бар сыныптарды ұйымдастыру педагогикалық тұрғыдан неғұрлым тиімді, өйткенi ол балалардың ауыспалы жұптарда жұмыс iстеуіне, жоғарғы сынып оқушыларының өзiндiк жұмыстарын ұйымдастыруға, сөйтiп көбiрек көңiл бөлудi керек ететiн төменгі сынып оқушыларына сабақ түсiндiру үшiн уақыт бөлiп алуға мүмкiндiк бередi.
