Одним із фундаментальних питань, яке поставив і розв'язав Г на сторінках "Іст України-Руси", було питання появи та розвитку укр козацтва, його місце в іст укр народу. Насамперед історик з'ясовує роль внут і зовн факторів, які зумовили появу козацтва (до перших він відносить посилення феодального гніту; до других - загрозу спустошливих вторгнень на укрі землі кримських татар). М.Г дотримувався точки зору, що козацтво- це продукт усього попереднього соціального та економ розвитку укр народу. Своєрідним прототипом козацтва вчений найперше вважає кочове населення степових районів періоду К Русі. Г дотримується "уходницької" теорії виникнення козацького населення, не заперечуючи, однак, ролі втеч селянських мас як соц фактору, що сприяв чисельності козацтва. Водночас історик підкреслював, що в цьому процесі брали участь й інші категорії населення - бояри, міщани, дрібна шляхта. За його спостереженнями козацтво пройшло тривалий еволюційний шлях у своїй історії. Виникнувши як явище побутове, воно поступово набувало нової якості, перетворюючись в окремий стан із своїми правами та привілеями.
Окремо розглянута проблема заснування та розвитку Запорізької Січі. Г оцінює це явище як важливу подію в іст козацтва, що істотно розширила його політ світогляд, вивела на дорогу міжнародного життя. Запоріжжя, - на думку вченого, стало огнищем козацької сили, солідарності, організованості.
Серед багатьох проблем, порушених і розроблених Грушевським на сторінках "Іст України-Руси", особливе місце належить визв війні укр народу під проводом Б.Х. Вчений аналізує комплекс причин, які зродили цей могутній народний вибух, показує джерела формування та соціальний склад повстанського табору, описує військові битви, оцінює зміст укладених договорів та угод, хоча не завжди оцінки бувають однозначними й категоричними.
Останній, X том праці, присвячений іст України у 1657-1658 рр. М.Г схарактеризував і оцінив найважливіші події того часу- повстання під проводом полтавського полковника Пушкаря та кошового отамана Барабаша, обставини укладення шведсько-укр угоди та відновлення кримсько-укр союзу. Відтворено перші кроки царизму на шляху ліквідації автономного устрою України, показано наростання напруженості між новим гетьманом Виговським і царським урядом, що вилилось у відкритий конфлікт. У центр уваги історика потрапив комплекс гострих питань, пов'язаних з укладенням Гадяцької угоди 1658 р. між І.Виговським і пол королем. Г намагається розібратися у причинах, які зумовили цей крок гетьмана та осіб з його оточення, аналізує зміст самої угоди. Так, М.Г не погоджувався з версією про І.Виговського як "зрадника". Нового гетьмана він оцінював як видатного керівника козаччини.
