Найвідомішою працею М. Грушевського є "Історія України-Руси", в основу якої історик поклав власну оригінальну концепцію наукового дослідження. На відміну від пануючої в офіційній російській історіографії схеми розвитку історичного процесу (за Карамзіним, Соловйовим, Ключевським, Погодіним), М.Грушевський розробив власні підходи до вирішення цього питання. В узагальнюючій формі вона викладена у статті "Звичайна схема "русской" історії й справа раціонального укладу історії східного слов'янства," надрукованій 1904 р. в журналі "Статьи по славяноведению". Головною тут є теза про те, що "общерусской" історії не було й не може бути, як нема "общерусской" народності. Може бути історія всіх "руських народностей", якщо хтось хоче їх так називати, або ж - історія східного слов'янства. Вона й повинна стати на місце "русской" історії.
Ідея Грушевського про необхідність вивчення різних гілок східного слов'янства була надзвичайно плідною, як і правомірним був його заклик до перегляду пануючої на той час погодінської теорії, яка визначала Київську Русь лише як творіння великоруської народності. М.Грушевський запропонував інший шлях вирішення цього складного питання. По-перше, він категорично заперечує домагання Московської Русі на частину давньоруської спадщини, спадкоємцем якої, на його думку, є тільки "українсько-руська народність", оскільки вона створила Київську державу. По-друге, Грушевський запропонував вивчати насамперед історію народу, а не держави, що зумовлюється її підпорядкованою роллю з боку економічних, культурних і національних факторів, і, по-третє, він закликав вивчати історію української, білоруської та великоруської народностей окремо, в їх генетичнім розвитку, від початків і до сьогодення.
Ці ідеї вчений реалізував у процесі написання "Історії України-Руси", а також інших праць. Слід відзначити, то ця схема стала органічною частиною наукової творчості групи істориків-послідовників М.Грушевського. Разом з тим, вже тоді вона викликала заперечення з боку багатьох дослідників, особливо у питанні про етнічні процеси доби Київської Русі і ролі давньоруської спадщини в історичній долі трьох східнослов'янських народів. Починаючи від 30-х рр. XX ст., гострій критиці її піддавали в радянській історіографії, що розглядала Київську Русь як "колиску" російського, українського і білоруського народів.
М.Грушевський особливий наголос робив на нерозривності й тяглості української історії від її ранньої доби через середньовіччя аж до нового періоду. Саме тому він називає свій основний твір "Історія України-Руси", пов'язуючи природну нову і стару історичну назву країни. Історичний процес охоплював цілість діяння і життя українського народу на території його розташування від найдавніших часів до доби, в котрій Грушевський писав свою працю. У цьому контексті історика Грушевського цілком слушно можна вважати засновником української національної історіографії, яка розвивалася далі на основі створеної ним історичної схеми.
